Hạt vi rút viêm gan C bao gồm một màng bọc lớp kép lipid có đường kính từ 55 đến 65 nm.[8][9] Hai màng bọc virus glycoprotein, E1 và E2, được nhúng trong màng bọc lipid.[10] Chúng tham gia vào quá trình gắn virus và xâm nhập vào tế bào. Bên trong lớp màng bọc là một lõi tứ diện có đường kính từ 33 đến 40 nm. Bên trong lõi là vật liệu RNA của virus.